Heydər Əliyev irsinin araşdırılması, təbliği və fondlarda qorunması istiqamətində fəaliyyət göstərən Mərkəzin ən cəlbedici və maraq doğuran bölümü Heydər Əliyev Muzeyidir. Dizaynı və burada tətbiq edilən yeni texnologiyalarla fərqlənən muzey Mərkəzin modern üslubu ilə həmahəngdir. Muzey Azərbaycan tarixinin və ümummilli lider Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyətinin müxtəlif dönəmlərini əks etdirir. Burada toplanan məlumatlar ziyarətçilərə interaktiv formada çatdırılır. Üç mərtəbədən ibarət muzeydə ümummilli lider Heydər Əliyevə aid maraqlı faktlar, foto və video materiallar və digər ünikal eksponatlar təqdim olunur.