Kinoloji Mərkəzin yaradılmasında məqsəd, Mərkəzin və digər gömrük orqanlarının kinoloqlarının hazırlığının və peşə keyfiyyətlərinin təkmilləşdirilməsinin təşkili, gömrük orqanlarında kinoloji sahə üzrə kadrların seçilməsi və yerləşdirilməsində iştirak etmək, tədris prosesinə metodik rəhbərliyi həyata keçirmək, kinoloji xidmətin komplektləşdirilməsi məqsədilə xidməti itlərin seçilməsi, alınması və artırılması, onların cins tərkibinin və iş keyfiyyətlərinin yaxşılaşdırılması, kinoloji fəaliyyətin təşkili, inkişafı və təminatı məsələlərində gömrük orqanlarının struktur bölmələri və digər ölkə daxili və xarici dövlət qurumlarınının kinoloji xidmətlərinin kinoloqları ilə birgə əməkdaşlıq, narkotik vasitələrin, odlu silahların, partlayıcı, psixotrop və digər fərdi iyə malik maddələrin aşkar edilməsi məqsədi ilə kinoloqların xidməti itlərlə gömrük nəzarətinin keçirilməsində iştirakını təmin etməkdir.